※ほぼ雑談です。
たまにぎくっとするのですが、よそから持ってきたSHPデータをClipなり和集合なりしようとすると、こんな感じで一部のデータが消えてる（演算されない）ことがあります。
これ、気づかずに次の作業にすすむと、最後の方で「あれ、面積少ない？計算されてない地物がある？？」と青ざめる事になります。
解決策としては、
「有効性のチェック」で「不正なジオメトリの出力レイヤ」に何もなくなっている事を確認の上、出力された「有効なジオメトリの出力レイヤ」を名前をつけて保存して使う。となります。
ちなみに地物の自己交差など、理由がはっきりしている場合以外でも、特にエラーが出ない場合でも遭遇しました。
おそらくいろんなGISブラウザで使い回す事によりメタデータがおかしくなっているのではないかと思われるので、
とにかく貰い物のSHPは、一度書き出し直してから使うことを心がけましょう。（自戒）
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